QSA (qsappend - добавлять строку запроса)
Этот флаг указывает механизму преобразований на добавление а не замену, строки запроса из URL к существующей, в строке подстановки. Можно заюзать когда надо добавить дополнительные данные в строку запроса с помощью директив преобразований.

L (last - последнее правило)
Останавливает процесс преобразования на этом месте и не применяет больше никаких правил преобразований. Это соответствует оператору last в Perl или оператору break в языке C. Используется для того, чтобы не преобразовывать текущий URL другими, следующими за этим, правилами преобразований. К примеру, используйте это для преобразования корневого URL из (’/') в реальный, например, ‘/e/www/’.

S=количество (skip - пропустить следующее правило(а))
Этот флаг указывает механизму преобразований пропускать следующее количество правил в последовательности начинающейся с текущего правила. Используйте это для создания псевдо if-then-else конструкций: Последнее правило блока then будет skip=N где N количество правил блока else. (Это не то же самое что и флаг ‘chain|C’!).
Вот… на данном примере это работает таким образом: если в строке адреса встретилось слово “admin”, то мы идем на admin.php и пропускаем следующие преобразования в количестве 1 штука, то есть это:

RewriteRule ^(.*)$ index.php [L,QSA]

Для приобретения больших навыков управления конфигурацией сервера рекомендую неплохой сайтец:
http://htaccess.net.ru/